Il programma del dottorato di ricerca in Fisica prevede, oltre ai corsi di soft skills, più di 20 corsi di hard skills, relativi ai temi delle quattro macro-aree (fisica sperimentale della materia, fisica teorica della materia, fisica dei sistemi complessi e fisica delle alte energie) e ad argomenti interdisciplinari. I dottorandi sono tenuti a frequentare un minimo di 200 ore di corsi di hard skills, 40 ore di corsi di soft skills e ad acquisire i propri crediti superando i relativi esami.
Al fine di consolidare ed accrescere l’internazionalizzazione, l’offerta formativa del dottorato in Fisica si arricchisce periodicamente anche di corsi di eccellenza e corsi tenuti da professori internazionali in visita presso il Dipartimento di Scienza Applicata e Tecnologia. Viene inoltre fortemente incentivato lo svolgimento da parte dei dottorandi di un periodo di ricerca di alcuni mesi presso Università e centri di ricerca esteri di particolare prestigio, come ad esempio l’Ecole Normale Supérieure di Lione (FR), l’Università di Cambridge (UK), l’Università di Dresda (GE), la Molecular Foundry di Berkeley (USA), University of Eastern Finland (FI), l’Istituto AMOLF di Amsterdam (NL), CERN (CH).
Il programma del dottorato in Fisica favorisce inoltre l'interdisciplinarità richiedendo ai dottorandi di ottenere i loro crediti da corsi di macro-aree diverse e frequentando il "Corso seminariale”. Esso consiste in una serie di seminari su argomenti di ampio interesse, organizzati dal Dipartimento di Scienze Applicate e Tecnologia e tenuto da relatori nazionali e internazionali su vari argomenti, con lo scopo di estendere le conoscenze dei dottorandi oltre l'argomento specifico della Tesi di dottorato. I seminari sono annunciati con regolarità dalla segreteria di Dipartimento e la frequenza degli studenti viene registrata. Infine, i dottorandi stessi sono incoraggiati a tenere seminari informali sulle proprie attività di ricerca, nell'ambito dell'iniziativa “Aperidisat".