ERC sectors

• Abilitazione Scientifica Nazionale - Seconda fascia - 02/A2 - FISICA TEORICA DELLE INTERAZIONI FONDAMENTALI conferred by MIUR, Italy (2013)

• Fellow - Universite Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu), Paris, France, Francia (2013)
  Corso di Machine Learning (SCLASS) per la scuola di Master dell’Université Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu).

• PLOS ONE (2019-), Editor of magazine, editorial series, encyclopaedia

• Primo ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine
• Ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine (1/8/2010-1/2/2017)
• Ricercatore, presso FONDAZIONE I.S.I. - ISTITUTO PER L'INTERSCAMBIO SCIENTIFICO (1/11/2003-31/7/2010)

• Accordo quadro di collaborazione scientifica tra Politecnico di Torino e Fondazione Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM Allegato operativo del progetto, (2020-2024) - Responsabile contrattuale
  Non-commercial collaboration agreements
• Rinnovo della Convenzione tra Politecnico di Torino e Fondazione “Human Genetics Foundation” HUGEF (oggi Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM) per collaborazione per attività di ricerca., (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
  Enti Partecipati

• FISICA, 2021/2022 (38. ciclo)
  Politecnico di TORINO
• FISICA, 2020/2021 (37. ciclo)
  Politecnico di TORINO
• FISICA, 2019/2020 (36. ciclo)
  Politecnico di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2018/2019 (35. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2017/2018 (34. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2016/2017 (33. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2015/2016 (32. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2014/2015 (31. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2013/2014 (30. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2012/2013 (29. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO

• Collegio di Ingegneria Elettronica, delle Telecomunicazioni e Fisica (ETF). Componente

PhD

• Introduzione alla biologia computazionale. A.A. 2018/19, FISICA. Main teacher
• Introduzione alla biologia computazionale. A.A. 2021/22, FISICA. Main teacher

Master of Science

• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2018/19, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2019/20, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2020/21, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2021/22, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2022/23, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso

Bachelor of Science

• Quantum physics and physics of complex systems (modulo di Physics of complex systems). A.A. 2017/18, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Quantum physics and physics of complex systems (modulo di Physics of complex systems). A.A. 2018/19, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2019/20, MATEMATICA PER L'INGEGNERIA. Titolare del corso
• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2020/21, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2021/22, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2022/23, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Fisica I. A.A. 2017/18, INGEGNERIA AEROSPAZIALE. Collaboratore del corso

• Institute of Condensed Matter Physics and Complex Systems

• Statistical Physics and Interdisciplinary Applications

Projects funded by competitive calls

• GNRECC - Gene network rewiring by an engineered CRIPSR-Cas12a variant, (2020-2021) - Responsabile Scientifico
  UE-funded research - H2020 - Excellent Science - Marie Curie
• Statistical Inference via Belief Propagation for Dynamical Models of Epidemics, (2015-2017) - Personale interno di riferimento
  Corporate-funded and donor-funded research

Projects funded by commercial contracts

• Convenzione dipartimentale tra HiFiBio e DISAT per una collaborazione in attività di ricerca nel settore della scienza e dell’ingegneria, con riferimento alle aree tematiche legate ai campi della “Prediction of antibody binding affinity” modellando repertori di anticorpi arricchiti con legante , (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
  Departmental agreements
• Academic Collaboration Agreement tra il Politecnico di Torino – DISAT e il Centro de Immunologia Molecular (CIM) di Cuba, (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
  Departmental agreements
• Studio di soluzioni di intelligenza artificiale per l’analisi di immagini medicali”, collegato al progetto AiBiBank, (2021-2022) - Responsabile Scientifico
  Commercial Research
• “Proteolabio” avente ad oggetto un algoritmo di ottimizzazione per lo screening di proteine ad alto rendimento , (2021-2022) - Responsabile Scientifico
  Participation in expenses for research activity

• Francesco Caredda. Programme in Fisica (cycle 38, 2022-in progress)
• Matteo De Leonardis. Programme in Fisica (cycle 37, 2021-in progress)
• Luca Sesta. Programme in Fisica (cycle 35, 2019-2023)
  Thesis: Unsupervised inference methods for protein sequence data
• Mirko Pieropan. Programme in Fisica (cycle 33, 2017-2021)
  Thesis: Expectation Propagation Methods for Approximate Inference in Linear Estimation Problems
  
  Fisica dei Sistemi Complessi / Physics of Complex Systems
  Meccanica Statistica / Statistical Mechanics

• Cocco, Simona; DE MARTINO, Andrea; Pagnani, Andrea; Weigt, Martin (2022)
  Statistical-physics approaches to RNA molecules, families and networks.
  Altro
• Muntoni, Anna Paola; Braunstein, Alfredo; Pagnani, Andrea; De Martino, Daniele; De ... (2022)
  Relationship between fitness and heterogeneity in exponentially growing microbial populations. In: BIOPHYSICAL JOURNAL, vol. 121, pp. 1919-1930. ISSN 0006-3495
  Contributo su Rivista
• Behkamal, Bahareh; Naghibzadeh, Mahmoud; Pagnani, Andrea; Reza Saberi, Mohammad; Al ... (2022)
  {LPTD}: a novel linear programming-based topology determination method for cryo-{EM} maps. In: BIOINFORMATICS. ISSN 1367-4803
  Contributo su Rivista
• Sesta, Luca; Uguzzoni, Guido; Fernandez-de-Cossio-Diaz, Jorge; Pagnani, Andrea (2021)
  AMaLa: Analysis of Directed Evolution Experiments via Annealed Mutational Approximated Landscape. In: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, vol. 22. ISSN 1422-0067
  Contributo su Rivista
• Lage-Castellanos, A.; Pagnani, A.; Weigt, M. (2009)
  The importance of dilution in the inference of biological networks. In: 2009 47th Annual Allerton Conference on Communication, Control, and Computing, Allerton 2009, Monticello, IL, USA, 2009, pp. 531-538. ISBN: 978-1-4244-5870-7
  Contributo in Atti di Convegno (Proceeding)

• Method for generating and screening protein libraries in silico.. national and international Patent - Responsabile Scientifico
  Participation in expenses for research activity