
Full Professor
Department of Applied Science and Technology (DISAT)
- Member of Interdepartmental Center SmartData@PoliTO - Big Data and Data Science Laboratory
Profile
Research interests
Scientific branch
(Area 0002 - Physical sciences)
Skills
ERC sectors
Awards and Honors
- Abilitazione Scientifica Nazionale - Seconda fascia - 02/A2 - FISICA TEORICA DELLE INTERAZIONI FONDAMENTALI conferred by MIUR, Italy (2013)
Fellowships
- Fellow - Universite Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu), Paris, France, Francia (2013)
Corso di Machine Learning (SCLASS) per la scuola di Master dell’Université Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu).
Editorial boards
- PLOS ONE (2019-), Editor of magazine, editorial series, encyclopaedia
Other research or teaching roles outside Politecnico
- Primo ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine
- Ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine (1/8/2010-1/2/2017)
- Ricercatore, presso FONDAZIONE I.S.I. - ISTITUTO PER L'INTERSCAMBIO SCIENTIFICO (1/11/2003-31/7/2010)
Non-commercial collaboration agreements
- Accordo quadro di collaborazione scientifica tra Politecnico di Torino e Fondazione Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM Allegato operativo del progetto, (2020-2024) - Responsabile contrattuale
Non-commercial collaboration agreements - Rinnovo della Convenzione tra Politecnico di Torino e Fondazione “Human Genetics Foundation” HUGEF (oggi Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM) per collaborazione per attività di ricerca., (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
Enti Partecipati
Teaching
PhD Boards
- FISICA, 2021/2022 (38. ciclo)
Politecnico di TORINO - FISICA, 2020/2021 (37. ciclo)
Politecnico di TORINO - FISICA, 2019/2020 (36. ciclo)
Politecnico di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2018/2019 (35. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2017/2018 (34. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2016/2017 (33. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2015/2016 (32. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2014/2015 (31. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2013/2014 (30. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2012/2013 (29. ciclo)
Università degli Studi di TORINO
Courses of Study Boards
Teachings
PhD
- Introduzione alla biologia computazionale. A.A. 2021/22, FISICA. Main teacher
- Introduzione alla biologia computazionale. A.A. 2018/19, FISICA. Main teacher
Master of Science
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2023/24, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2022/23, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2021/22, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2020/21, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2019/20, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2018/19, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
Bachelor of Science
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2023/24, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2022/23, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2021/22, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2020/21, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2019/20, MATEMATICA PER L'INGEGNERIA. Titolare del corso
- Quantum physics and physics of complex systems (modulo di Physics of complex systems). A.A. 2018/19, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Quantum physics and physics of complex systems (modulo di Physics of complex systems). A.A. 2017/18, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica I. A.A. 2017/18, INGEGNERIA AEROSPAZIALE. Collaboratore del corso
Research
Institute
Research groups/teams
Research projects
Projects funded by competitive calls
- EXMOPRODE - Explainable Models for Protein Design , (2023-2025) - Responsabile Scientifico
Nationally funded research - PRIN - GNRECC - Gene network rewiring by an engineered CRIPSR-Cas12a variant , (2020-2021) - Responsabile Scientifico
UE-funded research - H2020 - Excellent Science - Marie Curie - SIBYL - Statistical Inference via Belief Propagation for Dynamical Models of Epidemics , (2015-2017) - Personale interno di riferimento
Corporate-funded and donor-funded research
Projects funded by commercial contracts
- Academic Collaboration Agreement tra il Politecnico di Torino – DISAT e il Centro de Immunologia Molecular (CIM) di Cuba , (2023-2028) - Responsabile Scientifico
Departmental agreements - Convenzione dipartimentale tra HiFiBio e DISAT per una collaborazione in attività di ricerca nel settore della scienza e dell’ingegneria, con riferimento alle aree tematiche legate ai campi della “Prediction of antibody binding affinity” modellando repertori di anticorpi arricchiti con legante , (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
Departmental agreements - Studio di soluzioni di intelligenza artificiale per l’analisi di immagini medicali”, collegato al progetto AiBiBank , (2021-2022) - Responsabile Scientifico
Commercial Research - “Proteolabio” avente ad oggetto un algoritmo di ottimizzazione per lo screening di proteine ad alto rendimento , (2021-2022) - Responsabile Scientifico
Participation in expenses for research activity
Supervised PhD students
- Francesco Caredda. Programme in Fisica (38th cycle, 2022-in progress)
- Matteo De Leonardis. Programme in Fisica (37th cycle, 2021-in progress)
- Barthelemy Meynard. Programme in Fisica (37th cycle, 2021-in progress)
- Luca Sesta. Programme in Fisica (35th cycle, 2019-2023)
Thesis: Unsupervised inference methods for protein sequence data
Publications
Latest publications View all publications in Porto@Iris
- Muntoni, Anna Paola; Pagnani, Andrea (2023)
DCAlign v1.0: Aligning biological sequences using co-evolution models and informed priors. In: BIOINFORMATICS, vol. 39. ISSN 1367-4811
Contributo su Rivista - Cocco, Simona; DE MARTINO, Andrea; Pagnani, Andrea; Weigt, Martin (2022)
Statistical-physics approaches to RNA molecules, families and networks.
Altro - Muntoni, Anna Paola; Braunstein, Alfredo; Pagnani, Andrea; De Martino, Daniele; De ... (2022)
Relationship between fitness and heterogeneity in exponentially growing microbial populations. In: BIOPHYSICAL JOURNAL, vol. 121, pp. 1919-1930. ISSN 0006-3495
Contributo su Rivista - Behkamal, Bahareh; Naghibzadeh, Mahmoud; Pagnani, Andrea; Reza Saberi, Mohammad; Al ... (2022)
{LPTD}: a novel linear programming-based topology determination method for cryo-{EM} maps. In: BIOINFORMATICS. ISSN 1367-4803
Contributo su Rivista - Lage-Castellanos, A.; Pagnani, A.; Weigt, M. (2009)
The importance of dilution in the inference of biological networks. In: 2009 47th Annual Allerton Conference on Communication, Control, and Computing, Allerton 2009, Monticello, IL, USA, 2009, pp. 531-538. ISBN: 978-1-4244-5870-7
Contributo in Atti di Convegno (Proceeding)
Society and Enterprise
Patents and other intellectual properties
- Method for generating and screening protein libraries in silico.. national and international Patent
Inventors: Andrea Pagnani