Professore Ordinario (L.240)
Dipartimento Scienza Applicata e Tecnologia (DISAT)
- Componente Centro Interdipartimentale SmartData@PoliTO - Big Data and Data Science Laboratory
Profilo
Interessi di ricerca
Settore scientifico discliplinare
(Area 0002 - Scienze fisiche)
Competenze
Settori ERC
Premi e riconoscimenti
- Abilitazione Scientifica Nazionale - Seconda fascia - 02/A2 - FISICA TEORICA DELLE INTERAZIONI FONDAMENTALI conferito da MIUR, Italia (2013)
Partecipazioni scientifiche
- Fellow (riconoscimento scientifico) - Universite Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu), Paris, France, Francia (2013)
Corso di Machine Learning (SCLASS) per la scuola di Master dell’Université Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu).
Comitati editoriali
- PLOS ONE (2019-), Editor di rivista, collana editoriale, enciclopedia
Altri incarichi di ricerca o didattica esterni
- Primo ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine
- Ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine (1/8/2010-1/2/2017)
- Ricercatore, presso FONDAZIONE I.S.I. - ISTITUTO PER L'INTERSCAMBIO SCIENTIFICO (1/11/2003-31/7/2010)
Accordi collaborativi non commerciali
- Rinnovo della Convenzione tra Politecnico di Torino e Fondazione “Human Genetics Foundation” HUGEF (oggi Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM) per collaborazione per attività di ricerca., (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
Enti Partecipati - Accordo quadro di collaborazione scientifica tra Politecnico di Torino e Fondazione Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM Allegato operativo del progetto, (2020-2024) - Responsabile contrattuale
Accordi collaborativi non commerciali
Didattica
Collegi di Dottorato
- FISICA, 2022/2023 (39. ciclo)
Politecnico di TORINO - FISICA, 2021/2022 (38. ciclo)
Politecnico di TORINO - FISICA, 2020/2021 (37. ciclo)
Politecnico di TORINO - FISICA, 2019/2020 (36. ciclo)
Politecnico di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2018/2019 (35. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2017/2018 (34. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2016/2017 (33. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2015/2016 (32. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2014/2015 (31. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2013/2014 (30. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2012/2013 (29. ciclo)
Università degli Studi di TORINO
Collegi dei Corsi di Studio
Insegnamenti
Dottorato di ricerca
- Introduzione alla biologia computazionale. A.A. 2021/22, FISICA. Titolare del corso
- Introduzione alla biologia computazionale. A.A. 2018/19, FISICA. Titolare del corso
Corso di laurea magistrale
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2024/25, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2023/24, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2022/23, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2021/22, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2020/21, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2019/20, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2018/19, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
Corso di laurea di 1° livello
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2024/25, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2023/24, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2022/23, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2021/22, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2020/21, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2019/20, MATEMATICA PER L'INGEGNERIA. Titolare del corso
- Quantum physics and physics of complex systems (modulo di Physics of complex systems). A.A. 2018/19, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
Progetti di didattica e formazione finanziati da enti esterni
Progetti finanziati da bandi competitivi
- MSGEP - Modelli statistici generativi per lo studio della evoluzione delle proteine, (2024-2026) - Responsabile Scientifico
Cooperazione universitaria
Ricerca
Istituto
Gruppi/Team di ricerca
Progetti di ricerca
Progetti finanziati da bandi competitivi
- EXMOPRODE - Explainable Models for Protein Design, (2023-2025) - Responsabile Scientifico
Ricerca Nazionale - PRIN - GNRECC - MSCA-IF-2019, (2020-2021) - Responsabile Scientifico
Ricerca UE - H2020 - Excellent Science - Marie Curie - SIBYL - Statistical Inference via Belief Propagation for Dynamical Models of Epidemics, (2015-2017) - Personale interno di riferimento
Ricerca da Enti privati e Fondazioni
Progetti finanziati da contratti commerciali
- Academic Collaboration Agreement tra il Politecnico di Torino – DISAT e il Centro de Immunologia Molecular (CIM) di Cuba, (2023-2028) - Responsabile Scientifico
Convenzioni Dipartimentali - Convenzione dipartimentale tra HiFiBio e DISAT per una collaborazione in attività di ricerca nel settore della scienza e dell’ingegneria, con riferimento alle aree tematiche legate ai campi della “Prediction of antibody binding affinity” modellando repertori di anticorpi arricchiti con legante , (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
Convenzioni Dipartimentali - Studio di soluzioni di intelligenza artificiale per l’analisi di immagini medicali”, collegato al progetto AiBiBank, (2021-2022) - Responsabile Scientifico
Ricerca Commerciale - “Proteolabio” avente ad oggetto un algoritmo di ottimizzazione per lo screening di proteine ad alto rendimento , (2021-2022) - Responsabile Scientifico
Concorso oneri ricerca commerciale
Dottorandi
- Leonardo Di Bari. Corso in Fisica (39o ciclo, 2023-in corso)
Biofisica Statistica / Statistical Biophysics Fisica dei Sistemi Complessi / Physics of Complex Systems Meccanica Statistica / Statistical Mechanics Metodi Monte Carlo / Monte Carlo Methods Biofisica Statistica / Statistical Biophysics Fisica dei Sistemi Complessi / Physics of Complex Systems Meccanica Statistica / Statistical Mechanics Metodi Monte Carlo / Monte Carlo Methods - Francesco Caredda. Corso in Fisica (38o ciclo, 2022-in corso)
- Matteo De Leonardis. Corso in Fisica (37o ciclo, 2021-in corso)
- Barthelemy Meynard. Corso in Fisica (37o ciclo, 2021-in corso)
Tesi: Language Models towards Conditional Generative Models of Proteins Sequences - Luca Sesta. Corso in Fisica (35o ciclo, 2019-2023)
Tesi: Unsupervised inference methods for protein sequence data
Pubblicazioni
Pubblicazioni più recenti Vedi tutte le pubblicazioni su Porto@Iris
- Manigrasso, Francesco; Milazzo, Rosario; Russo, Alessandro; Lamberti, Fabrizio; Strand, ... (2025)
Mammography classification with multi-view deep learning techniques: investigating graph and transformer-based architectures. In: MEDICAL IMAGE ANALYSIS, vol. 99. ISSN 1361-8415
Contributo su Rivista - DE LEONARDIS, Matteo; Fernandez-de-Cossio-Diaz, Jorge; Uguzzoni, Guido; Pagnani, Andrea (2024)
Unsupervised modeling of mutational landscapes of adeno-associated viruses viability. In: BMC BIOINFORMATICS, vol. 25. ISSN 1471-2105
Contributo su Rivista - Meynard-Piganeau, Barthelemy; Fabbri, Caterina; Weigt, Martin; Pagnani, Andrea; ... (2023)
Generating Interacting Protein Sequences using Domain-to-Domain Translation. In: BIOINFORMATICS, vol. 39. ISSN 1367-4811
Contributo su Rivista - Muntoni, Anna Paola; Pagnani, Andrea (2023)
DCAlign v1.0: Aligning biological sequences using co-evolution models and informed priors. In: BIOINFORMATICS, vol. 39. ISSN 1367-4811
Contributo su Rivista - Muntoni, Anna Paola; Pagnani, Andrea; Weigt, Martin; Zamponi, Francesco (2021)
adabmDCA: adaptive Boltzmann machine learning for biological sequences. In: BMC BIOINFORMATICS, vol. 22, pp. 1-19. ISSN 1471-2105
Contributo su Rivista
Società e imprese
Brevetti e altre proprietà intellettuali
- Method for generating and screening protein libraries in silico.. Brevetto nazionale e internazionale
Inventori: Andrea Pagnani - Method for generating and screening protein libraries in silico.. Brevetto nazionale e internazionale
Inventori: Andrea Pagnani - Method for generating and screening protein libraries in silico.. Brevetto nazionale e internazionale
Inventori: Andrea Pagnani