
Dottorato in Ingegneria Informatica E Dei Sistemi , 25o ciclo (2010-2012)
Dottorato concluso nel 2013
Tesi:
Fast and Accurate Simulation Framework Targeting Molecular Dynamics for Cell Substructures
Tutori:
Elisa FicarraDidattica
Insegnamenti
Corso di laurea di 1° livello
- Informatica. A.A. 2010/11, INGEGNERIA AEROSPAZIALE. Collaboratore del corso
- Informatica. A.A. 2011/12, INGEGNERIA AEROSPAZIALE. Collaboratore del corso
- Informatica. A.A. 2012/13, INGEGNERIA AEROSPAZIALE. Collaboratore del corso
- Informatica. A.A. 2012/13, INGEGNERIA AEROSPAZIALE. Collaboratore del corso
Pubblicazioni
Pubblicazioni durante il dottorato Vedi tutte le pubblicazioni su Porto@Iris
- Shkurti, Ardita; Mario, Orsi; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Macii, Enrico; Sophia, ... (2013)
Optimization of Molecular Dynamics Simulations from a High Performance Computing Viewpoint. In: 2nd Annual CCP Bio-Sim Conference: Frontiers of Biomolecular Simulations, Nottingham, United Kingdom, 25-27 March 2013
Contributo in Atti di Convegno (Proceeding) - Shkurti, Ardita (2013)
Fast and Accurate Simulation Framework Targeting Molecular Dynamics for Cells Substructures. relatore: Andrea Acquaviva, Elisa Ficarra, Enrico Macii, 25. XXV
Doctoral Thesis - Shkurti, Ardita; Mario, Orsi; Macii, Enrico; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea (2013)
Acceleration of Coarse Grain Molecular Dynamics on GPU Architectures. In: JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, vol. 34, pp. 803-818. ISSN 0192-8651
Contributo su Rivista - Shkurti, Ardita; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Orsi, Mario; Macii, Enrico (2012)
Characterization of coarse grain molecular dynamic simulation performance ongraphic processing unit architectures. In: International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, BIOINFORMATICS 2012, Vilamoura, Algarve, prt, 2012, pp. 339-342. ISBN: 9789898425904
Contributo in Atti di Convegno (Proceeding) - Shkurti, Ardita; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Orsi, M.; Macii, Enrico; Essex, J. W. (2012)
Towards Low Cost Virtual Biological Laboratories: Molecular Modelling Simulation on Commodity Hardware.. In: Young Modellers Forum, Londra, Novembre 2012
Contributo in Atti di Convegno (Proceeding) - Deriu, MARCO AGOSTINO; Shkurti, Ardita; Paciello, Giulia; Bidone, TAMARA CARLA; ... (2012)
Multiscale Modelling of Cellular Actin Filaments: From Atomistic Molecular to Coarse Grained Dynamics. In: PROTEINS, vol. 80, pp. 1598-1609. ISSN 0887-3585
Contributo su Rivista - Shkurti, Ardita; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Orsi, M.; Macii, Enrico (2012)
CHARACTERIZATION OF COARSE GRAIN MOLECULAR DYNAMIC SIMULATION PERFORMANCE ON GRAPHIC PROCESSING UNIT ARCHITECTURES. In: International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (BIOINFORMATICS 2012), Vilamoura, Algarve (Portugal), 1-4 Feb 2012, pp. 339-342
Contributo in Atti di Convegno (Proceeding) - Shkurti, Ardita; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Mario, Orsi; Martino, Ruggiero; ... (2010)
GPU Acceleration of Simulation Tool for Lipid-Bilayers. In: IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Hong Kong, 18-21 Dec 2010, pp. 849-850. ISBN: 9781424483020
Contributo in Atti di Convegno (Proceeding)