Research database

SORGENTE - SORveglianza GENomica in PiemonTE: sequenziamento di massa e analisi filogenomica di SARS CoV-2 e altri virus a carattere pandemico mediante metodi innovativi, automatici, a basso costo e alta efficienza

Duration:
18 months (2023)
Principal investigator(s):
Project type:
Regionally funded research
Funding body:
REGIONE (Regione Piemonte)
Project identification number:
132286
PoliTo role:
Coordinator

Abstract

Per il controllo della pandemia da virus SARS-CoV-2 si impone lo studio del virus e delle sue varianti attraverso lo sviluppo di modelli innovativi di sorveglianza che, partendo da tecnologie di sequenziamento e analisi filogenetiche, possano essere applicati su larga scala per il monitoraggio della variabilità genetica del virus e per fornire in tempi rapidi l’analisi della circolazione del virus in rapporto a diversi contesti geografici e sociali. Tale Sorveglianza Genomica (SG) è disegnata per integrare in maniera efficace ed efficiente gli strumenti di sorveglianza tradizionali, che si fondano sull’analisi epidemiologica, il campionamento sistematico di contesti a rischio, come i focolai, e approfondimenti locali per il tracciamento e l’identificazione. Si istituisce un nuovo modello di sorveglianza genomica applicabile ai virus a carattere pandemico, e si sviluppano metodi bioinformatici ad elevata efficienza per l’analisi dei dati generati tramite COVseq, al fine di applicarla su larga scala per il sequenziamento e il monitoraggio del genoma di SARS-CoV-2 e delle varianti e di integrare il sistema di sorveglianza con gli aspetti genomici e virologici applicati su tutto il territorio della Regione Piemonte.

People involved

Departments

Partners

  • ASL CITTA' DI TORINO
  • Fondazione del Piemonte per l'Oncologia
  • MOLTOSENSO S.R.L.
  • POLITECNICO DI TORINO - Coordinator

Keywords

ERC sectors

LS7_9 - Public health and epidemiology
PE1_21 - Application of mathematics in industry and society
LS2_1 - Genomics, comparative genomics, functional genomics

Budget

Total cost: € 693,354.28
Total contribution: € 554,683.42
PoliTo total cost: € 372,137.50
PoliTo contribution: € 297,710.00