Andrea Pagnani

ERC sectors

• Abilitazione Scientifica Nazionale - Seconda fascia - 02/A2 - FISICA TEORICA DELLE INTERAZIONI FONDAMENTALI conferred by MIUR, Italy (2013)

• Fellow - Universite Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu), Paris, France, Francia (2013)
  Corso di Machine Learning (SCLASS) per la scuola di Master dell’Université Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu).

• PLOS ONE (2019-), Editor of magazine, editorial series, encyclopaedia

• Primo ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine
• Ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine (1/8/2010-1/2/2017)
• Ricercatore, presso FONDAZIONE I.S.I. - ISTITUTO PER L'INTERSCAMBIO SCIENTIFICO (1/11/2003-31/7/2010)

• Rinnovo della Convenzione tra Politecnico di Torino e Fondazione “Human Genetics Foundation” HUGEF (oggi Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM) per collaborazione per attività di ricerca., (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
  Enti Partecipati
• Accordo quadro di collaborazione scientifica tra Politecnico di Torino e Fondazione Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM Allegato operativo del progetto, (2020-2024) - Responsabile contrattuale
  Non-commercial collaboration agreements

• FISICA, 2024/2025 (40. ciclo)
  Politecnico di TORINO
• FISICA, 2023/2024 (39. ciclo)
  Politecnico di TORINO
• FISICA, 2022/2023 (38. ciclo)
  Politecnico di TORINO
• FISICA, 2021/2022 (37. ciclo)
  Politecnico di TORINO
• FISICA, 2020/2021 (36. ciclo)
  Politecnico di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2019/2020 (35. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2018/2019 (34. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2017/2018 (33. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2016/2017 (32. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2015/2016 (31. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2014/2015 (30. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO
• SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2013/2014 (29. ciclo)
  Università degli Studi di TORINO

• Collegio di Ingegneria Elettronica, delle Telecomunicazioni e Fisica. Componente

PhD

• Introduzione alla biologia computazionale. A.A. 2021/22, FISICA. Main teacher

Master of Science

• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2024/25, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2023/24, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2022/23, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2021/22, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2020/21, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
• Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2019/20, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso

Bachelor of Science

• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2024/25, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2023/24, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2022/23, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2021/22, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2020/21, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
• Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2019/20, MATEMATICA PER L'INGEGNERIA. Titolare del corso

Projects funded by competitive calls

• MSGEP - Modelli statistici generativi per lo studio della evoluzione delle proteine, (2024-2026) - Responsabile Scientifico
  University cooperation

• Institute of Condensed Matter Physics and Complex Systems (DISAT)

• Statistical Physics and Interdisciplinary Applications (DISAT)

Projects funded by competitive calls

• EXMOPRODE - Explainable Models for Protein Design, (2023-2025) - Responsabile Scientifico
  Nationally funded research - PRIN
• GNRECC - MSCA-IF-2019, (2020-2021) - Responsabile Scientifico
  UE-funded research - H2020 - Excellent Science - Marie Curie
• SIBYL - Statistical Inference via Belief Propagation for Dynamical Models of Epidemics, (2015-2017) - Personale interno di riferimento
  Corporate-funded and donor-funded research

Projects funded by commercial contracts

• Academic Collaboration Agreement tra il Politecnico di Torino – DISAT e il Centro de Immunologia Molecular (CIM) di Cuba, (2023-2028) - Responsabile Scientifico
  Departmental agreements
• Convenzione dipartimentale tra HiFiBio e DISAT per una collaborazione in attività di ricerca nel settore della scienza e dell’ingegneria, con riferimento alle aree tematiche legate ai campi della “Prediction of antibody binding affinity” modellando repertori di anticorpi arricchiti con legante , (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
  Departmental agreements
• Studio di soluzioni di intelligenza artificiale per l’analisi di immagini medicali”, collegato al progetto AiBiBank, (2021-2022) - Responsabile Scientifico
  Commercial Research
• “Proteolabio” avente ad oggetto un algoritmo di ottimizzazione per lo screening di proteine ad alto rendimento , (2021-2022) - Responsabile Scientifico
  Participation in expenses for research activity

• Leonardo Di Bari. Programme in Fisica (39^th cycle, 2023-in progress)
  Research subject: Statistical-physics inspired learning of the protein sequence universe
  
  Fisica dei Sistemi Complessi / Physics of Complex Systems
  Meccanica Statistica / Statistical Mechanics
  Biofisica Statistica / Statistical Biophysics
  Metodi Monte Carlo / Monte Carlo Methods
  Fisica dei Sistemi Complessi / Physics of Complex Systems
  Meccanica Statistica / Statistical Mechanics
  Biofisica Statistica / Statistical Biophysics
  Metodi Monte Carlo / Monte Carlo Methods
• Francesco Caredda. Programme in Fisica (38^th cycle, 2022-in progress)
• Matteo De Leonardis. Programme in Fisica (37^th cycle, 2021-in progress)
  Thesis: Unsupervised inference models for structural and functional properties of protein sequences
• Barthelemy Meynard. Programme in Fisica (37^th cycle, 2021-in progress)
  Thesis: Language Models towards Conditional Generative Models of Proteins Sequences
• Luca Sesta. Programme in Fisica (35^th cycle, 2019-2023)
  Thesis: Unsupervised inference methods for protein sequence data

• Fernandez-de-Cossio-Diaz, Jorge; Uguzzoni, Guido; Ricard, Kévin; Anselmi, Francesca; ... (2024)
  Inference and design of antibody specificity: From experiments to models and back. In: PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, vol. 20. ISSN 1553-7358
  Contributo su Rivista
• Sesta, Luca; Pagnani, Andrea; Fernandez-de-Cossio-Diaz, Jorge; Uguzzoni, Guido (2024)
  Inference of annealed protein fitness landscapes with AnnealDCA. In: PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, vol. 20. ISSN 1553-7358
  Contributo su Rivista
• Budzynski, Louise; Pagnani, Andrea (2023)
  Small-coupling expansion for multiple sequence alignment. In: PHYSICAL REVIEW. E, vol. 107. ISSN 2470-0045
  Contributo su Rivista
• Behkamal, Bahareh; Naghibzadeh, Mahmoud; Saberi, Mohammad Reza; Tehranizadeh, Zeinab ... (2021)
  Three-Dimensional Graph Matching to Identify Secondary Structure Correspondence of Medium-Resolution Cryo-EM Density Maps. In: BIOMOLECULES, vol. 11. ISSN 2218-273X
  Contributo su Rivista
• Behkamal, Bahareh; Naghibzadeh, Mahmoud; Pagnani, Andrea; Saberi, Mohammad Reza; Al ... (2021)
  Solving the α-helix correspondence problem at medium-resolution Cryo-EM maps through modeling and 3D matching. In: JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, vol. 103. ISSN 1093-3263
  Contributo su Rivista

• Method for generating and screening protein libraries in silico.. national and international Patent
  Inventors: Andrea Pagnani
• Method for generating and screening protein libraries in silico.. national and international Patent
  Inventors: Andrea Pagnani
• Method for generating and screening protein libraries in silico.. national and international Patent
  Inventors: Andrea Pagnani