
Full Professor (L. 240)
Department of Applied Science and Technology (DISAT)
- Member of Interdepartmental Center SmartData@PoliTO - Big Data and Data Science Laboratory
Profile
Research interests
Scientific branch
(Area 0002 - Physical sciences)
Skills
ERC sectors
Awards and Honors
- Abilitazione Scientifica Nazionale - Seconda fascia - 02/A2 - FISICA TEORICA DELLE INTERAZIONI FONDAMENTALI conferred by MIUR, Italy (2013)
Fellowships
- Fellow - Universite Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu), Paris, France, Francia (2013)
Corso di Machine Learning (SCLASS) per la scuola di Master dell’Université Pierre et Marie Curie (UPMC-Jussieu).
Editorial boards
- PLOS ONE (2019-), Editor of magazine, editorial series, encyclopaedia
Other research or teaching roles outside Politecnico
- Primo ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine
- Ricercatore, presso Italian Institute for Genomic Medicine (1/8/2010-1/2/2017)
- Ricercatore, presso FONDAZIONE I.S.I. - ISTITUTO PER L'INTERSCAMBIO SCIENTIFICO (1/11/2003-31/7/2010)
Non-commercial collaboration agreements
- Rinnovo della Convenzione tra Politecnico di Torino e Fondazione “Human Genetics Foundation” HUGEF (oggi Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM) per collaborazione per attività di ricerca., (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
Enti Partecipati - Accordo quadro di collaborazione scientifica tra Politecnico di Torino e Fondazione Italian Institute for Genomic Medicine - IIGM Allegato operativo del progetto, (2020-2024) - Responsabile contrattuale
Non-commercial collaboration agreements
Teaching
Collegi of the PhD programmes
- FISICA, 2024/2025 (40. ciclo)
Politecnico di TORINO - FISICA, 2023/2024 (39. ciclo)
Politecnico di TORINO - FISICA, 2022/2023 (38. ciclo)
Politecnico di TORINO - FISICA, 2021/2022 (37. ciclo)
Politecnico di TORINO - FISICA, 2020/2021 (36. ciclo)
Politecnico di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2019/2020 (35. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2018/2019 (34. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2017/2018 (33. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2016/2017 (32. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2015/2016 (31. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2014/2015 (30. ciclo)
Università degli Studi di TORINO - SISTEMI COMPLESSI PER LE SCIENZE DELLA VITA, 2013/2014 (29. ciclo)
Università degli Studi di TORINO
Collegi of the degree programmes
Teachings
PhD
- Introduzione alla biologia computazionale. A.A. 2021/22, FISICA. Main teacher
Master of Science
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2024/25, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2023/24, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2022/23, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2021/22, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2020/21, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
- Stochastic simulation methods in physics. A.A. 2019/20, PHYSICS OF COMPLEX SYSTEMS (FISICA DEI SISTEMI COMPLESSI). Titolare del corso
Bachelor of Science
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2024/25, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2023/24, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2022/23, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2021/22, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2020/21, INGEGNERIA FISICA. Titolare del corso
- Fisica dei sistemi complessi. A.A. 2019/20, MATEMATICA PER L'INGEGNERIA. Titolare del corso
Teaching and training projects
Projects funded by competitive calls
- MSGEP - Modelli statistici generativi per lo studio della evoluzione delle proteine, (2024-2026) - Responsabile Scientifico
University cooperation
Research
Institute
Research groups/teams
Research projects
Projects funded by competitive calls
- EXMOPRODE - Explainable Models for Protein Design, (2023-2025) - Responsabile Scientifico
Nationally funded research - PRIN - GNRECC - MSCA-IF-2019, (2020-2021) - Responsabile Scientifico
UE-funded research - H2020 - Excellent Science - Marie Curie - SIBYL - Statistical Inference via Belief Propagation for Dynamical Models of Epidemics, (2015-2017) - Personale interno di riferimento
Corporate-funded and donor-funded research
Projects funded by commercial contracts
- Academic Collaboration Agreement tra il Politecnico di Torino – DISAT e il Centro de Immunologia Molecular (CIM) di Cuba, (2023-2028) - Responsabile Scientifico
Departmental agreements - Convenzione dipartimentale tra HiFiBio e DISAT per una collaborazione in attività di ricerca nel settore della scienza e dell’ingegneria, con riferimento alle aree tematiche legate ai campi della “Prediction of antibody binding affinity” modellando repertori di anticorpi arricchiti con legante , (periodo sconosciuto) - Responsabile Scientifico
Departmental agreements - Studio di soluzioni di intelligenza artificiale per l’analisi di immagini medicali”, collegato al progetto AiBiBank, (2021-2022) - Responsabile Scientifico
Commercial Research - “Proteolabio” avente ad oggetto un algoritmo di ottimizzazione per lo screening di proteine ad alto rendimento , (2021-2022) - Responsabile Scientifico
Participation in expenses for research activity
Supervised PhD students
- Leonardo Di Bari. Programme in Fisica (39th cycle, 2023-in progress)
Research subject: Statistical-physics inspired learning of the protein sequence universe
Fisica dei Sistemi Complessi / Physics of Complex Systems Meccanica Statistica / Statistical Mechanics Biofisica Statistica / Statistical Biophysics Metodi Monte Carlo / Monte Carlo Methods Fisica dei Sistemi Complessi / Physics of Complex Systems Meccanica Statistica / Statistical Mechanics Biofisica Statistica / Statistical Biophysics Metodi Monte Carlo / Monte Carlo Methods - Francesco Caredda. Programme in Fisica (38th cycle, 2022-in progress)
- Matteo De Leonardis. Programme in Fisica (37th cycle, 2021-in progress)
Thesis: Unsupervised inference models for structural and functional properties of protein sequences - Barthelemy Meynard. Programme in Fisica (37th cycle, 2021-in progress)
Thesis: Language Models towards Conditional Generative Models of Proteins Sequences - Luca Sesta. Programme in Fisica (35th cycle, 2019-2023)
Thesis: Unsupervised inference methods for protein sequence data
Publications
Latest publications View all publications in Porto@Iris
- Fernandez-de-Cossio-Diaz, Jorge; Uguzzoni, Guido; Ricard, Kévin; Anselmi, Francesca; ... (2024)
Inference and design of antibody specificity: From experiments to models and back. In: PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, vol. 20. ISSN 1553-7358
Contributo su Rivista - Sesta, Luca; Pagnani, Andrea; Fernandez-de-Cossio-Diaz, Jorge; Uguzzoni, Guido (2024)
Inference of annealed protein fitness landscapes with AnnealDCA. In: PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, vol. 20. ISSN 1553-7358
Contributo su Rivista - Budzynski, Louise; Pagnani, Andrea (2023)
Small-coupling expansion for multiple sequence alignment. In: PHYSICAL REVIEW. E, vol. 107. ISSN 2470-0045
Contributo su Rivista - Behkamal, Bahareh; Naghibzadeh, Mahmoud; Saberi, Mohammad Reza; Tehranizadeh, Zeinab ... (2021)
Three-Dimensional Graph Matching to Identify Secondary Structure Correspondence of Medium-Resolution Cryo-EM Density Maps. In: BIOMOLECULES, vol. 11. ISSN 2218-273X
Contributo su Rivista - Behkamal, Bahareh; Naghibzadeh, Mahmoud; Pagnani, Andrea; Saberi, Mohammad Reza; Al ... (2021)
Solving the α-helix correspondence problem at medium-resolution Cryo-EM maps through modeling and 3D matching. In: JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, vol. 103. ISSN 1093-3263
Contributo su Rivista
Society and Enterprise
Patents and other intellectual properties
- Method for generating and screening protein libraries in silico.. national and international Patent
Inventors: Andrea Pagnani - Method for generating and screening protein libraries in silico.. national and international Patent
Inventors: Andrea Pagnani - Method for generating and screening protein libraries in silico.. national and international Patent
Inventors: Andrea Pagnani